由于使用真空和液體加熱使得旋轉蒸發器成為實驗室中的一個安全隱患。因此許多用戶把附加的安全功能視為zui重要的條件，這也是生產廠家應該引起重視的。

所以目前市面上許多旋轉蒸發器都配有安全-停止功能：當蒸發器遇到意外故障時會自動從電熱器中退出。這就保證了樣本不會受到破壞，也提高了無人值守時的工作安全性。可調節的終點位置識別能夠避免蒸發器瓶下降的過深、從而也避免了蒸發器瓶的破損。

其他配件，例如特別防碎的蒸發器瓶，因為它有著特殊的防護涂層，或者加熱池額外的防護罩等有關旋轉蒸發器工作安全的裝備。

溫度控制也通過軟件控制改進提高了，更加安全了：例如定義了安全溫度，也就是加熱池溫度調節時不得超過的zui高溫度值。

有些蒸發器系統還可以提供遠程遙控進行控制。這就能夠舒適的操作、控制安全罩內的蒸發器了，也進一步的提高了蒸發器工作的安全性。在傳統的蒸餾設備中，被蒸餾的液體介質僅在蒸餾容器壁處才能接觸到熱源。這種接觸可以導致過熱、從而導致沸騰蒸發過程無法控制；這也就會給設備和人員帶來安全風險。另外，過高的溫度也會導致產品質量受到影響或者樣品全部報廢。通過旋轉蒸發器的真空（低溫狀態下的沸騰、蒸發）和旋轉（避免過熱）則能夠使稀釋劑的清除過程*受控。在蒸發器瓶旋轉原理的幫助下，蒸餾能力提高了好幾倍，所采用的抽真空技術也能夠在較低的溫度條件下完成蒸餾。